La cohesina y el CTCF afectan de manera diferente la arquitectura de la cromatina y la expresión génica en las células humanas.

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Año de publicación:
2013
Autores:
Jessica Zuin, Jesse R Dixon, Michael IJA van der Reijden, Zhen Ye, Petros Kolovos, Rutger WW Brouwer, Mariette PC van de Corput, Harmen JG van de Werken, Tobias A Knoch, Wilfred FJ van Ijcken, Frank G Grosveld, Bing Ren , Kerstin S Wendt
Identificación de PubMed:
24335803
Subvenciones de financiación:
Resumen público:
Estudios recientes de interacciones de cromatina en todo el genoma han revelado que el genoma humano se divide en muchos dominios topológicos autoasociados. Las secuencias límite entre los dominios están enriquecidas por los sitios de unión del factor de unión a CTCC (CTCF) y el complejo de cohesina, lo que implica a estos dos factores en el establecimiento o mantenimiento de los dominios topológicos. Para determinar el papel de la cohesina y CTCF en la arquitectura de la cromatina de orden superior en las células humanas, agotamos el complejo de cohesina o CTCF y examinamos las consecuencias de la pérdida de estos factores en la organización de la cromatina de orden superior, así como en el transcriptoma. Observamos una pérdida general de las interacciones de la cromatina local tras la interrupción de la cohesina, pero los dominios topológicos permanecen intactos. Sin embargo, encontramos que el agotamiento de CTCF no solo redujo las interacciones entre dominios sino que también aumentó las interacciones entre dominios. Además, distintos grupos de genes se regulan incorrectamente tras el agotamiento de cohesina y CTCF. Tomadas en conjunto, estas observaciones sugieren que CTCF y la cohesina contribuyen de manera diferente a la organización de la cromatina y la regulación génica.
Resumen científico:
Estudios recientes de interacciones de cromatina en todo el genoma han revelado que el genoma humano se divide en muchos dominios topológicos autoasociados. Las secuencias límite entre los dominios están enriquecidas por los sitios de unión del factor de unión a CTCC (CTCF) y el complejo de cohesina, lo que implica a estos dos factores en el establecimiento o mantenimiento de los dominios topológicos. Para determinar el papel de la cohesina y CTCF en la arquitectura de la cromatina de orden superior en las células humanas, agotamos el complejo de cohesina o CTCF y examinamos las consecuencias de la pérdida de estos factores en la organización de la cromatina de orden superior, así como en el transcriptoma. Observamos una pérdida general de las interacciones de la cromatina local tras la interrupción de la cohesina, pero los dominios topológicos permanecen intactos. Sin embargo, encontramos que el agotamiento de CTCF no solo redujo las interacciones entre dominios sino que también aumentó las interacciones entre dominios. Además, distintos grupos de genes se regulan incorrectamente tras el agotamiento de cohesina y CTCF. Tomadas en conjunto, estas observaciones sugieren que CTCF y la cohesina contribuyen de manera diferente a la organización de la cromatina y la regulación génica.