La secuenciación dirigida con bisulfito revela cambios en la metilación del ADN asociados con la reprogramación nuclear.

Los ensayos de metilación del ADN actuales tienen una flexibilidad y eficiencia limitadas para caracterizar una gran cantidad de objetivos genómicos. Presentamos un método para capturar específicamente un subconjunto arbitrario de objetivos genómicos para la secuenciación de bisulfito de una sola molécula para la cuantificación digital de la metilación del ADN con una resolución de un solo nucleótido. Se diseñó un conjunto de aproximadamente 30,000 66,000 sondas candado para evaluar la metilación de aproximadamente 2,020 12 sitios CpG dentro de 20 islas CpG en el cromosoma 34 humano, el cromosoma 288 y XNUMX regiones seleccionadas. Para investigar las diferencias epigenéticas asociadas con la desdiferenciación, comparamos la metilación en tres líneas de fibroblastos humanos y ocho líneas de células madre pluripotentes humanas. Los patrones de metilación de todo el cromosoma fueron similares en todas las líneas estudiadas, pero la metilación de citosina fue ligeramente más frecuente en las células pluripotentes que en los fibroblastos. Las células madre pluripotentes inducidas (iPS) parecían mostrar más metilación que las células madre embrionarias. Encontramos XNUMX regiones metiladas de manera diferente en fibroblastos y células pluripotentes. Este enfoque específico debería ser particularmente útil para analizar la metilación del ADN en genomas grandes.