Un panel de células madre pluripotentes inducidas de chimpancés: un recurso para la genómica funcional comparada.

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Año de publicación:
2015
Autores:
Irene Gallego Romero, Bryan J Pavlovic, Irene Hernando-Herraez, Xiang Zhou, Michelle C Ward, Nicholas E Banovich, Courtney L Kagan, Jonathan E Burnett, Constance H Huang, Amy Mitrano, Claudia I Chavarria, Inbar Friedrich Ben-Nun, Yingchun Li, Karen Sabatini, Trevor R Leonardo, Mana Parast, Tomas Marques-Bonet, Louise C Laurent, Jeanne F Loring, Yoav Gilad
Identificación de PubMed:
26102527
Subvenciones de financiación:
Resumen público:
Los estudios de genómica comparativa en primates están restringidos debido a nuestro acceso limitado a las muestras. Para obtener una mejor comprensión de los procesos genéticos que subyacen a la variación en fenotipos complejos en primates, debemos tener acceso a sistemas modelo fieles para una amplia gama de tipos de células. Para facilitar esto, generamos un panel de 7 líneas de células madre pluripotentes inducidas por chimpancé (iPSC) completamente caracterizadas derivadas de donantes sanos. Para demostrar la utilidad de los paneles comparativos de iPSC, recopilamos datos de secuenciación de ARN y metilación de ADN de las iPSC de chimpancé y las líneas de fibroblastos correspondientes, así como de 7 iPSC humanas y sus líneas de origen, que abarcan múltiples poblaciones y tipos de células. Observamos mucha menos variación dentro de la especie en las iPSC que en las células somáticas, lo que indica que el proceso de reprogramación borra muchas diferencias interindividuales. La baja variación regulatoria dentro de las especies en las iPSC nos permitió identificar muchas diferencias regulatorias novedosas entre especies de pequeña magnitud.
Resumen científico:
Los estudios de genómica comparativa en primates están restringidos debido a nuestro acceso limitado a las muestras. Para obtener una mejor comprensión de los procesos genéticos que subyacen a la variación en fenotipos complejos en primates, debemos tener acceso a sistemas modelo fieles para una amplia gama de tipos de células. Para facilitar esto, generamos un panel de 7 líneas de células madre pluripotentes inducidas por chimpancé (iPSC) completamente caracterizadas derivadas de donantes sanos. Para demostrar la utilidad de los paneles comparativos de iPSC, recopilamos datos de secuenciación de ARN y metilación de ADN de las iPSC de chimpancé y las líneas de fibroblastos correspondientes, así como de 7 iPSC humanas y sus líneas de origen, que abarcan múltiples poblaciones y tipos de células. Observamos mucha menos variación dentro de la especie en las iPSC que en las células somáticas, lo que indica que el proceso de reprogramación borra muchas diferencias interindividuales. La baja variación regulatoria dentro de las especies en las iPSC nos permitió identificar muchas diferencias regulatorias novedosas entre especies de pequeña magnitud.