Las células ES de ratón expresan shRNA endógenos, siRNA y otros ARN pequeños dependientes de Dicer e independientes del microprocesador.
Año de publicación:
2008
Identificación de PubMed:
18923076
Subvenciones de financiación:
Resumen público:
Los microARN canónicos (miARN) requieren dos pasos de procesamiento: el primero mediante el Microprocesador, un complejo de DGCR8 y Drosha, y el segundo mediante un complejo de TRBP y Dicer. Las células madre embrionarias de ratón (mESC) dgcr8Delta/Delta tienen fenotipos menos graves que las mESC dicer1Delta/Delta, lo que sugiere un papel fisiológico para los ARN pequeños dependientes de Dicer e independientes del microprocesador. Para identificar estos pequeños ARN con biogénesis inusual, realizamos una secuenciación de alto rendimiento a partir de mESC de tipo salvaje, dgcr8Delta/Delta y dicer1Delta/Delta. Varios de los ARN resultantes independientes de DGCR8 y dependientes de Dicer eran miARN no canónicos. Estos derivan de mirtrones y una subclase recientemente identificada de precursores de miARN, que parece ser la contraparte endógena de los shRNA. Nuestros análisis también revelaron ARNip endógenos resultantes de la escisión de Dicer de horquillas largas, la gran mayoría de las cuales se originaron a partir de un locus genómico con elementos nucleares intercalados cortos (SINE) invertidos en tándem. Nuestros resultados amplían la diversidad conocida de vías de generación de ARN pequeños de mamíferos y muestran que los ARNip de mamíferos existen en tipos de células distintos de los ovocitos.
Resumen científico:
Los microARN canónicos (miARN) requieren dos pasos de procesamiento: el primero mediante el Microprocesador, un complejo de DGCR8 y Drosha, y el segundo mediante un complejo de TRBP y Dicer. Las células madre embrionarias de ratón (mESC) dgcr8Delta/Delta tienen fenotipos menos graves que las mESC dicer1Delta/Delta, lo que sugiere un papel fisiológico para los ARN pequeños dependientes de Dicer e independientes del microprocesador. Para identificar estos pequeños ARN con biogénesis inusual, realizamos una secuenciación de alto rendimiento a partir de mESC de tipo salvaje, dgcr8Delta/Delta y dicer1Delta/Delta. Varios de los ARN resultantes independientes de DGCR8 y dependientes de Dicer eran miARN no canónicos. Estos derivan de mirtrones y una subclase recientemente identificada de precursores de miARN, que parece ser la contraparte endógena de los shRNA. Nuestros análisis también revelaron ARNip endógenos resultantes de la escisión de Dicer de horquillas largas, la gran mayoría de las cuales se originaron a partir de un locus genómico con elementos nucleares intercalados cortos (SINE) invertidos en tándem. Nuestros resultados amplían la diversidad conocida de vías de generación de ARN pequeños de mamíferos y muestran que los ARNip de mamíferos existen en tipos de células distintos de los ovocitos.