Análisis de micromatrices y secuencias de ADNc de la transcripción durante la regeneración de extremidades dependientes de nervios.

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Año de publicación:
2009
Autores:
James R Monaghan, Leonard G Epp, Srikrishna Putta, Robert B Page, John A Walker, Chris K Beachy, Wei Zhu, Gerald M Pao, Inder M Verma, Tony Hunter, Susan V Bryant, David M Gardiner, Tim T Harkins, S Randal Voss
Identificación de PubMed:
19144100
Subvenciones de financiación:
Resumen público:
ANTECEDENTES: Se utilizaron análisis de microarrays y secuenciación de 454 ADNc para investigar un problema de siglos de antigüedad en biología regenerativa: la base de la regeneración de las extremidades dependiente de nervios en salamandras. Se amputaron las extremidades anteriores inervadas (NR) y denervadas (DL) de ajolotes mexicanos y se tomaron muestras de las transcripciones después de 0, 5 y 14 días de regeneración. RESULTADOS: Se observó una similitud considerable entre los programas transcripcionales NR y DL a los 5 y 14 días después de la amputación (dpa). Los genes con funciones extracelulares que son críticas para la cicatrización de heridas estaban regulados positivamente, mientras que los genes específicos de los músculos estaban regulados negativamente. Por tanto, muchos procesos que se regulan durante la regeneración temprana de las extremidades no dependen de factores derivados de los nervios. La mayoría de las diferencias transcripcionales entre las extremidades NR y DL se correlacionaron con la formación de blastema; El número de células aumentó en las extremidades NR después de 5 días y esto produjo firmas transcripcionales distintas de proliferación celular en las extremidades NR a los 14 días. Estas firmas transcripcionales no se observaron en las extremidades DL. En cambio, los cambios en la expresión genética dentro de las extremidades DL sugieren respuestas de curación de heridas más diversas y prolongadas. 454 la secuenciación de ADNc complementó el análisis de microarrays al proporcionar un muestreo más profundo de los programas transcripcionales y los procesos biológicos asociados. El ensamblaje de nuevas 454 secuencias de ADNc con contigs de etiqueta de secuencia expresada (EST) existentes de la base de datos EST de Ambystoma duplicó con creces (3935 a 9411) el número de A humanos no redundantes. mexicanum secuencias ortólogas. CONCLUSIÓN: Se descubrieron por primera vez muchas secuencias de genes candidatos nuevos que permitirán en gran medida estudios futuros sobre la cicatrización de heridas, la epigenética, la estabilidad del genoma y la formación y crecimiento de blastema dependiente de los nervios utilizando el modelo de ajolote.
Resumen científico:
ANTECEDENTES: Se utilizaron análisis de microarrays y secuenciación de 454 ADNc para investigar un problema de siglos de antigüedad en biología regenerativa: la base de la regeneración de las extremidades dependiente de nervios en salamandras. Se amputaron las extremidades anteriores inervadas (NR) y denervadas (DL) de ajolotes mexicanos y se tomaron muestras de las transcripciones después de 0, 5 y 14 días de regeneración. RESULTADOS: Se observó una similitud considerable entre los programas transcripcionales NR y DL a los 5 y 14 días después de la amputación (dpa). Los genes con funciones extracelulares que son críticas para la cicatrización de heridas estaban regulados positivamente, mientras que los genes específicos de los músculos estaban regulados negativamente. Por tanto, muchos procesos que se regulan durante la regeneración temprana de las extremidades no dependen de factores derivados de los nervios. La mayoría de las diferencias transcripcionales entre las extremidades NR y DL se correlacionaron con la formación de blastema; El número de células aumentó en las extremidades NR después de 5 días y esto produjo firmas transcripcionales distintas de proliferación celular en las extremidades NR a los 14 días. Estas firmas transcripcionales no se observaron en las extremidades DL. En cambio, los cambios en la expresión genética dentro de las extremidades DL sugieren respuestas de curación de heridas más diversas y prolongadas. 454 la secuenciación de ADNc complementó el análisis de microarrays al proporcionar un muestreo más profundo de los programas transcripcionales y los procesos biológicos asociados. El ensamblaje de nuevas 454 secuencias de ADNc con contigs de etiqueta de secuencia expresada (EST) existentes de la base de datos EST de Ambystoma duplicó con creces (3935 a 9411) el número de A humanos no redundantes. mexicanum secuencias ortólogas. CONCLUSIÓN: Se descubrieron por primera vez muchas secuencias de genes candidatos nuevos que permitirán en gran medida estudios futuros sobre la cicatrización de heridas, la epigenética, la estabilidad del genoma y la formación y crecimiento de blastema dependiente de los nervios utilizando el modelo de ajolote.