iPSCORE: un recurso de 222 líneas iPSC que permite la caracterización funcional de la variación genética en una variedad de tipos de células.

Año de publicación:

2017

Autores:

Athanasia D Panopoulos, Matteo D'Antonio, Paola Benaglio, Roy Williams, Sherin I Hashem, Bernhard M Schuldt, Christopher DeBoever, Angelo D Arias, Melvin García, Bradley C Nelson, Olivier Harismendy, David A Jakubosky, Margaret KR Donovan, William W Greenwald, KathyJean Farnam, Megan Cook, Victor Borja, Carl A Miller, Jonathan D Grinstein, Frauke Drees, Jonathan Okubo, Kenneth E Diffenderfer, Yuriko Hishida, Veronica Modesto, Carl T Dargitz, Rachel Feiring, Chang Zhao, Aitor Aguirre, Thomas J McGarry, Hiroko Matsui, He Li, Joaquin Reyna, Fangwen Rao, Daniel T O'Connor, Gene W Yeo, Sylvia M Evans, Neil C Chi, Kristen Jepsen, Naoki Nariai, Franz-Josef Muller, Lawrence SB Goldstein, Juan Carlos Izpisua Belmonte, Eric Adler, Jeanne F Loring, W Travis Berggren, Agnieszka D'Antonio-Chronowska, Erin N Smith, Kelly A Frazer

Identificación de PubMed:

28392216

Subvenciones de financiación:

Resumen público:

Colecciones a gran escala de células madre pluripotentes inducidas (iPSC) podrían servir como poderosos sistemas modelo para examinar cómo la variación genética afecta la biología y las enfermedades. Aquí describimos el recurso iPSCORE: una colección de líneas iPSC caracterizadas y derivadas sistemáticamente de 222 individuos étnicamente diversos que permite estudios genéticos tanto familiares como basados en asociaciones. La colección iPSCORE contiene individuos representativos de alelos de riesgo y sin riesgo para el 95 % de los SNP asociados con fenotipos humanos a través de estudios de asociación de todo el genoma. Nuestro estudio demuestra la utilidad de iPSCORE para examinar cómo las variantes genéticas influyen en los rasgos moleculares y fisiológicos en iPSC y líneas celulares derivadas.

Resumen científico:

Colecciones a gran escala de células madre pluripotentes inducidas (iPSC) podrían servir como poderosos sistemas modelo para examinar cómo la variación genética afecta la biología y las enfermedades. Aquí describimos el recurso iPSCORE: una colección de líneas iPSC caracterizadas y derivadas sistemáticamente de 222 individuos étnicamente diversos que permite estudios genéticos tanto familiares como basados en asociaciones. Las líneas iPSCORE son pluripotentes con alta integridad genómica (ningún número o un número bajo de variantes de número de copias somáticas) según lo determinado mediante secuenciación de ARN de alto rendimiento y matrices de genotipado, respectivamente. Utilizando iPSC de una familia de individuos, mostramos que los cardiomiocitos derivados de iPSC demuestran patrones de expresión genética que se agrupan por antecedentes genéticos y pueden usarse para examinar variantes asociadas con fenotipos fisiológicos y de enfermedades. La colección iPSCORE contiene individuos representativos de alelos de riesgo y sin riesgo para el 95 % de los SNP asociados con fenotipos humanos a través de estudios de asociación de todo el genoma. Nuestro estudio demuestra la utilidad de iPSCORE para examinar cómo las variantes genéticas influyen en los rasgos moleculares y fisiológicos en iPSC y líneas celulares derivadas.