La integración de enfoques de todo el genoma identifica lncRNA de células madre neurales adultas y su progenie in vivo.
Año de publicación:
2013
Identificación de PubMed:
23583100
Subvenciones de financiación:
Resumen público:
Se han descrito ARN largos no codificantes (lncRNA) en líneas celulares y varios tejidos completos, pero el análisis del desarrollo de lncRNA in vivo es limitado. Aquí, analizamos exhaustivamente la expresión de lncRNA para el linaje de células madre neurales de la zona subventricular del ratón adulto. Utilizamos técnicas complementarias de todo el genoma que incluyen RNA-seq, RNA CaptureSeq y ChIP-seq para asociar lncRNA específicos con tipos de células neurales, procesos de desarrollo y estados de enfermedades humanas. Al integrar datos de mapas de estado de cromatina, micromatrices personalizadas y purificación FACS del linaje de la zona subventricular, identificamos rigurosamente lncRNA con funciones potenciales en la neurogénesis en adultos. La eliminación mediada por shRNA de dos de estos lncRNA, Six3os y Dlx1as, indica el papel de los lncRNA en la especificación del linaje neuroglial de células madre adultas multipotentes. Por lo tanto, nuestros datos y flujo de trabajo proporcionan un análisis de lncRNA in vivo excepcionalmente coherente y forman la base de un recurso en línea fácil de usar para el estudio de los lncRNA en el desarrollo y las enfermedades.
Resumen científico:
Se han descrito ARN largos no codificantes (lncRNA) en líneas celulares y varios tejidos completos, pero el análisis del desarrollo de lncRNA in vivo es limitado. Aquí, analizamos exhaustivamente la expresión de lncRNA para el linaje de células madre neurales de la zona subventricular del ratón adulto. Utilizamos técnicas complementarias de todo el genoma que incluyen RNA-seq, RNA CaptureSeq y ChIP-seq para asociar lncRNA específicos con tipos de células neurales, procesos de desarrollo y estados de enfermedades humanas. Al integrar datos de mapas de estado de cromatina, micromatrices personalizadas y purificación FACS del linaje de la zona subventricular, identificamos rigurosamente lncRNA con funciones potenciales en la neurogénesis en adultos. La eliminación mediada por shRNA de dos de estos lncRNA, Six3os y Dlx1as, indica el papel de los lncRNA en la especificación del linaje neuroglial de células madre adultas multipotentes. Por lo tanto, nuestros datos y flujo de trabajo proporcionan un análisis de lncRNA in vivo excepcionalmente coherente y forman la base de un recurso en línea fácil de usar para el estudio de los lncRNA en el desarrollo y las enfermedades.