Las regiones génicas del genoma de una gran salamandra contienen intrones largos y genes nuevos.

ANTECEDENTES: La base de la variación del tamaño del genoma sigue siendo una cuestión pendiente porque faltan datos de secuencia de ADN para organismos con genomas grandes. Se aislaron y secuenciaron dieciséis clones de BAC del ajolote mexicano (Ambystoma mexicanum: valor c = 32 x 10(9) pb) para caracterizar la estructura de las regiones genéticas. RESULTADOS: La anotación de genes dentro de los BAC mostró que los intrones de ajolote son en promedio 10 veces más largos que los intrones de vertebrados ortólogos y se predice que contienen más elementos funcionales, incluidos miARN y snoARN. Se descubrieron loci dentro de los BAC para dos nuevas transcripciones EST que se expresan diferencialmente durante la regeneración de la médula espinal y la metamorfosis de la piel. Inesperadamente, también se descubrió un tercer gen novedoso al anotar manualmente los BAC. El análisis de las secuencias codificantes de proteínas del ajolote humano sugiere que hay un 2% más de genes específicos de linaje en el genoma del ajolote que en el genoma humano, pero se predice que la gran mayoría (86%) de los genes entre el ajolote y el humano serán ortólogos 1:1. Teniendo en cuenta que los genes del ajolote son, en promedio, 5 veces más grandes que los genes humanos, se estima que el componente genético del genoma de la salamandra es increíblemente grande, ¡aproximadamente 2.8 gigabases! CONCLUSIÓN: Este estudio muestra que un genoma de salamandra grande tiene un componente genético correspondientemente grande, principalmente porque los genes tienen intrones increíblemente largos. Estas secuencias intrónicas pueden albergar nuevas secuencias codificantes y no codificantes que regulan procesos biológicos que son exclusivos de las salamandras.