La anotación epigenómica de potenciadores predice los reguladores transcripcionales de la cresta neural humana.
Año de publicación:
2012
Identificación de PubMed:
22981823
Subvenciones de financiación:
Resumen público:
Las células de la cresta neural (NCC) son una población de células embrionarias transitorias caracterizadas por una capacidad migratoria inusual y una plasticidad de desarrollo. Para anotar y caracterizar los elementos reguladores cis utilizados por el NCC humano, acoplamos un modelo de diferenciación de hESC con un perfil de todo el genoma de las modificaciones de histonas y de la ocupación de coactivadores y factores de transcripción (TF). El análisis de secuencia predijo la unión de los principales TF a los potenciadores de hNCC epigenómicamente anotados, incluido un regulador maestro de NC, TFAP2A, y los receptores nucleares NR2F1 y NR2F2. Aunque muchos eventos de unión de TF ocurren fuera de los potenciadores, los sitios que coinciden con las firmas de cromatina del potenciador muestran una restricción de secuencia significativamente mayor, agotamiento nucleosomal, correlación con la expresión génica y conservación funcional en NCC aislado de embriones de pollo. La coocupación simultánea de TFAP2A y NR2F1/F2 se asocia con estados de cromatina potenciadores permisivos, caracterizados por altos niveles de p300 y H3K27ac. Nuestros resultados proporcionan información global sobre los paisajes de la cromatina NC humana y un rico recurso para estudios sobre el desarrollo y las enfermedades craneofaciales.
Resumen científico:
Las células de la cresta neural (NCC) son una población de células embrionarias transitorias caracterizadas por una capacidad migratoria inusual y una plasticidad de desarrollo. Para anotar y caracterizar los elementos reguladores cis utilizados por el NCC humano, acoplamos un modelo de diferenciación de hESC con un perfil de todo el genoma de las modificaciones de histonas y de la ocupación de coactivadores y factores de transcripción (TF). El análisis de secuencia predijo la unión de los principales TF a los potenciadores de hNCC epigenómicamente anotados, incluido un regulador maestro de NC, TFAP2A, y los receptores nucleares NR2F1 y NR2F2. Aunque muchos eventos de unión de TF ocurren fuera de los potenciadores, los sitios que coinciden con las firmas de cromatina del potenciador muestran una restricción de secuencia significativamente mayor, agotamiento nucleosomal, correlación con la expresión génica y conservación funcional en NCC aislado de embriones de pollo. La coocupación simultánea de TFAP2A y NR2F1/F2 se asocia con estados de cromatina potenciadores permisivos, caracterizados por altos niveles de p300 y H3K27ac. Nuestros resultados proporcionan información global sobre los paisajes de la cromatina NC humana y un rico recurso para estudios sobre el desarrollo y las enfermedades craneofaciales.