CLIP mejorado descubre objetivos de ARN-proteína IMP en células madre pluripotentes humanas importantes para la adhesión y supervivencia celular.

Año de publicación:

2016

Autores:

Anne E Conway, Eric L Van Nostrand, Gabriel A Pratt, Stefan Aigner, Melissa L Wilbert, Balaji Sundararaman, Peter Freese, Nicole J Lambert, Shashank Sathe, Tiffany Y Liang, Anthony Essex, Severine Landais, Christopher B Burge, D Leanne Jones , Gene W Yeo

Identificación de PubMed:

27068461

Subvenciones de financiación:

Redes postranscripcionales mediadas por proteínas de unión a ARN que regulan la pluripotencia de HPSC
Los factores de empalme neuronales y generales controlan la autorrenovación, la supervivencia neuronal y la diferenciación.
Moléculas para corregir la firma de ARN aberrante en neuronas humanas enfermas
Modelos de células madre para analizar el papel del C9ORF72 mutado en la neurodegeneración

Resumen público:

Las células madre pluripotentes humanas (hPSC) requieren un control preciso de las redes de ARN postranscripcional para mantener la proliferación y la supervivencia. Utilizando inmunoprecipitación y reticulación UV mejorada (eCLIP), identificamos objetivos de ARN de la familia IMP/IGF2BP de proteínas de unión a ARN en hPSC. En los niveles de región amplia y sitio de unión, IMP1 e IMP2 muestran una unión reproducible a un conjunto grande y superpuesto de objetivos enriquecidos en 3' UTR. RNA Bind-N-seq aplicado a IMP1 e IMP2 recombinantes de longitud completa revela motivos ricos en CA que están enriquecidos en sitios de unión definidos por eCLIP. Observamos que la pérdida de IMP1 en hPSC recapitula los fenotipos de IMP1, incluida una reducción en la adhesión celular y un aumento de la muerte celular. Para la adhesión celular, encontramos que IMP1 mantiene niveles de ARNm de integrina que regula específicamente la estabilidad del ARN de ITGB5 en hPSC. Además, mostramos que IMP1 se puede vincular a la supervivencia de hPSC a través del objetivo directo BCL2. Por lo tanto, los perfiles de unión de todo el transcriptoma identifican objetivos de hPSC que modulan funciones IMP1 bien caracterizadas.

Resumen científico:

Las células madre pluripotentes humanas (hPSC) requieren un control preciso de las redes de ARN postranscripcional para mantener la proliferación y la supervivencia. Utilizando inmunoprecipitación y reticulación UV mejorada (eCLIP), identificamos objetivos de ARN de la familia IMP/IGF2BP de proteínas de unión a ARN en hPSC. En los niveles de región amplia y sitio de unión, IMP1 e IMP2 muestran una unión reproducible a un conjunto grande y superpuesto de objetivos enriquecidos en 3' UTR. RNA Bind-N-seq aplicado a IMP1 e IMP2 recombinantes de longitud completa revela motivos ricos en CA que están enriquecidos en sitios de unión definidos por eCLIP. Observamos que la pérdida de IMP1 en hPSC recapitula los fenotipos de IMP1, incluida una reducción en la adhesión celular y un aumento de la muerte celular. Para la adhesión celular, encontramos que IMP1 mantiene niveles de ARNm de integrina que regula específicamente la estabilidad del ARN de ITGB5 en hPSC. Además, mostramos que IMP1 se puede vincular a la supervivencia de hPSC a través del objetivo directo BCL2. Por lo tanto, los perfiles de unión de todo el transcriptoma identifican objetivos de hPSC que modulan funciones IMP1 bien caracterizadas.