Cambios dinámicos en el número de copias de genes de pluripotencia y proliferación celular en ESC e iPSC humanas durante la reprogramación y el tiempo en cultivo.

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Año de publicación:
2011
Autores:
Louise C Laurent, Igor Ulitsky, Ileana Slavin, Ha Tran, Andrew Schork, Robert Morey, Candace Lynch, Julie V Harness, Sunray Lee, Maria J Barrero, Sherman Ku, Marina Martynova, Ruslan Semechkin, Vasiliy Galat, Joel Gottesfeld, Juan Carlos Izpisua Belmonte, Chuck Murry, Hans S Keirstead, Hyun-Sook Park, Uli Schmidt, Andrew L Laslett, Franz-Josef Muller, Caroline M Nievergelt, Ron Shamir, Jeanne F Loring
Identificación de PubMed:
21211785
Subvenciones de financiación:
Resumen público:
La estabilidad genómica es fundamental para el uso clínico de células madre pluripotentes inducidas y embrionarias humanas. Realizamos análisis de SNP (polimorfismo de un solo nucleótido) de alta resolución en 186 muestras pluripotentes y 119 no pluripotentes. Informamos una mayor frecuencia de variaciones en el número de copias subcromosómicas en muestras pluripotentes en comparación con muestras no pluripotentes, con variaciones enriquecidas en regiones genómicas específicas. La distribución de estas variaciones difirió entre hESC y hiPSC, caracterizada por un gran número de duplicaciones encontradas en unas pocas muestras de hESC y un número moderado de eliminaciones distribuidas en muchas muestras de hiPSC. Para las hiPSC, el proceso de reprogramación se asoció con eliminaciones de genes supresores de tumores, mientras que el tiempo en cultivo se asoció con duplicaciones de genes oncogénicos. También observamos duplicaciones que surgieron durante un protocolo de diferenciación. Nuestros resultados ilustran la naturaleza dinámica de las anomalías genómicas en las células madre pluripotentes y la necesidad de un seguimiento genómico frecuente para garantizar la estabilidad fenotípica y la seguridad clínica.
Resumen científico:
La estabilidad genómica es fundamental para el uso clínico de células madre pluripotentes inducidas y embrionarias humanas. Realizamos análisis de SNP (polimorfismo de un solo nucleótido) de alta resolución en 186 muestras pluripotentes y 119 no pluripotentes. Informamos una mayor frecuencia de variaciones en el número de copias subcromosómicas en muestras pluripotentes en comparación con muestras no pluripotentes, con variaciones enriquecidas en regiones genómicas específicas. La distribución de estas variaciones difirió entre hESC y hiPSC, caracterizada por un gran número de duplicaciones encontradas en unas pocas muestras de hESC y un número moderado de eliminaciones distribuidas en muchas muestras de hiPSC. Para las hiPSC, el proceso de reprogramación se asoció con eliminaciones de genes supresores de tumores, mientras que el tiempo en cultivo se asoció con duplicaciones de genes oncogénicos. También observamos duplicaciones que surgieron durante un protocolo de diferenciación. Nuestros resultados ilustran la naturaleza dinámica de las anomalías genómicas en las células madre pluripotentes y la necesidad de un seguimiento genómico frecuente para garantizar la estabilidad fenotípica y la seguridad clínica.