El alelotipo de ARN digital revela la expresión de genes específicos de tejido y de alelo en humanos.

Desarrollamos un método de alelotipado de ARN digital para interrogar cuantitativamente la expresión génica específica de alelo. Este método implica la secuenciación ultraprofunda de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) capturados con candado del transcriptoma. Caracterizamos cuatro líneas celulares establecidas a partir de dos sujetos humanos en el Proyecto Genoma Personal. Aproximadamente entre el 11% y el 22% de los SNP heterocigotos asociados a ARNm mostraron expresión específica de alelo en cada línea celular y entre 4.3% y 8.5% fueron específicos de tejido, lo que sugiere la presencia de regulación cis específica de tejido. Cuando aplicamos el alelotipo a dos pares de líneas de células madre embrionarias humanas hermanas, las líneas hermanas eran más similares en la expresión específica de alelo que las líneas genéticamente no relacionadas. Descubrimos que la variación de las proporciones alélicas en la expresión genética entre diferentes líneas celulares se explicaba principalmente por variaciones genéticas, mucho más que por tipos de tejido específicos o condiciones de crecimiento. La comparación de los SNP expresados ​​en las transcripciones sentido y antisentido sugirió que las proporciones alélicas están determinadas principalmente por mecanismos reguladores cis en las transcripciones sentido.