El análisis comparativo entre RNA-seq unicelular y RNA FISH de una sola molécula indica que la nucleobase de pirimidina idoxuridina (IdU) amplifica globalmente el ruido transcripcional.

Las fluctuaciones estocásticas (ruido) en la transcripción generan una variabilidad sustancial entre células, pero las funciones fisiológicas del ruido siguen siendo difíciles de determinar en ausencia de enfoques generalizados de modulación del ruido. La secuenciación previa de ARN unicelular (scRNA-seq) sugirió que el análogo de base de pirimidina (5'-yodo-2'-desoxiuridina, IdU) generalmente podría amplificar el ruido sin alterar sustancialmente los niveles medios de expresión, pero potencialmente los inconvenientes técnicos de scRNA-seq oscureció la penetrancia de la amplificación del ruido transcripcional inducida por IdU. Aquí cuantificamos la penetrancia global versus parcial de la amplificación de ruido inducida por IdU mediante la evaluación de datos de scRNA-seq utilizando numerosos algoritmos de normalización y la cuantificación directa del ruido utilizando ARN FISH de una sola molécula (smFISH) para un panel de genes de todo el transcriptoma. Los análisis alternativos de scRNA-seq indican una amplificación del ruido inducida por IdU para aproximadamente el 90 % de los genes, y los datos de smFISH verificaron la amplificación del ruido para aproximadamente el 90 % de los genes analizados. En conjunto, este análisis indica qué algoritmos scRNA-seq son apropiados para cuantificar el ruido y sostiene que IdU es una molécula potenciadora del ruido globalmente penetrante que podría permitir investigaciones de los impactos fisiológicos del ruido transcripcional.