Enfoques básicos para el análisis de la expresión génica de células madre mediante microarrays.
Año de publicación:
2011
Identificación de PubMed:
21822882
Subvenciones de financiación:
- Centro TSRI para la investigación de hESC
- Laboratorio colaborativo para la investigación de células madre embrionarias humanas en el Instituto de Investigación Médica Sanford-Burnham
- La matriz de células madre: un mapa de las vías moleculares que definen las células pluripotentes
- Garantizar la seguridad de la terapia celular: un proceso de control de calidad para la purificación y validación celular
Resumen público:
En este informe nos centramos en el análisis de última generación de datos de microarrays y presentamos al lector controles importantes que producen resultados sólidos y biológicamente relevantes.
Resumen científico:
Este capítulo cubre el análisis de la expresión génica mediante microarrays para estudiar y caracterizar células madre. En un escenario de estudio de caso, describimos metodologías bioinformáticas básicas utilizadas para responder preguntas comunes en experimentos de microarrays que involucran una o más poblaciones de células madre. Los proveedores de servicios o los laboratorios centrales departamentales suelen llevar a cabo la preparación de muestras, la hibridación y el escaneo de microarrays. Por lo tanto, en este capítulo, nos centramos en el análisis de datos de última generación que evita errores comunes e introduce al lector en controles importantes que producen resultados sólidos y biológicamente relevantes. Describimos la evaluación de genes expresados diferencialmente, métodos de agrupación, análisis de enriquecimiento de conjuntos de genes y métodos de descubrimiento de redes de genes que pueden usarse para formular conocimientos biológicos significativos, así como sugerir nuevos experimentos de laboratorio húmedo.